蛋白质组学研究，就是要把一个基因组表达的绝大多数蛋白质或一个复杂的混合体系中绝大多数蛋白质进行精确的定量和鉴定。

研究什么

那么蛋白组究竟研究的是什么呢？

简单的说呢，就是高通量或者说大规模地研究蛋白质的科学。具体来说主要是三大块：

第一，蛋白质定性，或者说大规模检测某些蛋白质是否存在于样品当中；

第二，蛋白质定量，也就是大规模检测某些蛋白质的含量（包括绝对含量与相对含量）；

第三，蛋白质翻译后修饰，这些修饰主要包括磷酸化，泛素化，糖基化，乙酰化等等，也包括对这些翻译后修饰的定量研究。

研究原因

有的同学可能又要问，简单的定性定量研究，有了 RNA-seq 等高通量的实验方法，为什么还学要蛋白组学呢？

首先，由于翻译调控和翻译后调控的存在，RNA 的表达量与实际对应蛋白质的含量相关性并不高，1999 年， 蛋白组学界大神 Steven Gygi 还在另一位大神 Ruedi Aebersold 门下学习时发表的古老文章，就简单地测试了酵母中 mRNA 和对应蛋白质的定量相关性，结果是，低丰度蛋白与 mRNA 的相关性尤其低，而高丰度蛋白和其 mRNA 的相关性则高，经过平均后 r 值仅为 0.4。

那么，低丰度蛋白都指的是什么呢？

诸如蛋白激酶，转录因子等调控性蛋白大多都是低丰度蛋白，这些可都是做学术的各位最为青睐的蛋白呀。

其次，很多蛋白质的功能和调控与其翻译后修饰密不可分，例如，有的蛋白质需要磷酸化后才能行使功能，有的蛋白质会在特定条件下经过泛素化降解，从而通过调节其丰度而调节其在细胞内功能。

综上所述，基于质谱的方法，不仅一次性告诉你，你的样品里都有哪些蛋白质，蛋白质都有多少，还能告诉你它们带没带翻译后修饰，修饰在哪个氨基酸上面，这种修饰的蛋白有多少。

想要好好利用蛋白组学发文章申请课题，那就必须要先了解一下蛋白组学到底能为我们解决哪些问题。

现在我们了解了，蛋白组学可以在我们整个研究内容中的任何一个部分起到关键的帮助作用。其三大主要作用是：

1. 疾病生物标记物（Biomarker）筛选

2. 关键致病基因（Driver Gene）发现

3. 机制 / 信号通路研究