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火热的多组学 ​

浏览:541 发表时间:2024-10-15

多组学是什么?   


多组学(Multi-Omics),也称为集成组学、泛组学和跨组学,旨在整合两个或多个组学数据集,进行数据分析、可视化和解释,以明确某种生物过程的机制。是一种探究机体多种物质相互作用的一种方法,目前包括基因组学、表观基因组学、转录组学、蛋白质组学、代谢组学、微生物组学等。



  常见组学概念  

1

基因组学

基因组学(genomics)的概念最早于1986年由美国遗传学家Thomas H. Roderick提出。基因组学是对生物体所有基因进行集体表征、定量研究及不同基因组比较研究的一门交叉生物学学科

2

转录组学

转录组学(transcriptomics)是指一门在整体水平上研究细胞中基因转录的情况及转录调控规律的学科。转录组学是从RNA水平研究基因表达的情况。

3

蛋白质组学

蛋白质组学(proteomics),是以蛋白质组为研究对象,研究细胞、组织或生物体蛋白质组成及其变化规律的科学。


4

 蛋白质组学

蛋白质组学(proteomics),是以蛋白质组为研究对象,研究细胞、组织或生物体蛋白质组成及其变化规律的科学。

5

代谢组学

代谢组(metabolomics)是指生物体内源性代谢物质的动态整体。传统的代谢概念既包括生物合成,也包括生物分解,因此理论上代谢物应包括核酸、蛋白质、脂类生物大分子以及其他小分子代谢物质。但为了有别于基因组、转录组和蛋白质组,代谢组之前只涉及相对分子质量约小于1000的小分子代谢物质。

6

 微生物组学

微生物组是指一个特定环境或生态系统中全部微生物及其遗传信息的集合, 其蕴藏着极为丰富的微生物资源。




 多组学联合分析  

系统生物学研究时代,生物学现象复杂多变,基因表达调控复杂多样,单纯用单一组学研究结论往往不够全面,采用多组学联合分析可以实现蛋白 / 转录及代谢物的全谱分析,实现从“因”和“果”两个方向探究生物学问题,相互间的验证作用更明显还可以阐述分子调控 - 表型间的关联机制,筛选出重要代谢通路或基因、蛋白、代谢物进行实验分析和研究。





 多组学在肿瘤方向研究高分案例 



//详细解读//


1

小细胞肺癌的蛋白质组学特征确定了其生物学见解和亚型特异性治疗策略

这是中国学者 2024 年在 Cell 期刊上的开篇之作。这项研究使用配对的肿瘤组织和正常癌旁组织对小细胞肺癌进行全面的基因组学、转录组学、蛋白质组学和磷酸化蛋白质组学的综合分析。系统地揭示了小细胞肺癌相关的分子特征,确定了可靠的预后生物标志物和不同患者分层的个性化治疗策略。

2

胶质母细胞瘤进化的综合蛋白质组学特征

在这篇文章里,Kim 等人采用了蛋白质组学+基因组学+转录组学的多组学分析后,发现神经元程序的激活是驱动 GBM 复发的关键机制,而 WNT/PCP 通路和 BRAF 激酶的激活则是这一过程中的分子决定因素。这些发现全面揭示了胶质母细胞瘤演变和耐药的生物学机制,为 GBM 复发的诊断和治疗提供了新的工具。

3

中国人群乳腺癌的综合多组学分析揭示了患者分层和治疗脆弱性蛋白质组学

研究人员对中国乳腺癌基因组图谱项目中的一个大型中国乳腺癌队列(n = 773)进行了多组学分析,包括基因组学、转录组学、蛋白质组学、代谢组学、放射组学和数字病理学数据。该数据集使我们能够确定乳腺癌的潜在治疗靶点、种族差异、肿瘤微环境和代谢特征,并为今后研究乳腺癌的生物学复杂性提供重要参考。

4

肿瘤免疫的泛癌蛋白质组学表征

研究人员利用 CPTAC(临床蛋白质组肿瘤分析联盟)的泛癌蛋白质组数据集,全面分析了 10 种癌症的 1,000 多个肿瘤样本的蛋白质组图谱以及匹配的基因组、表观基因组和转录组图谱,以全面表征这些肿瘤的免疫状况。从而揭示了肿瘤中的免疫监视以及免疫逃避手段,以及在未来可能增强免疫治疗和精准医疗策略的潜在分子靶标。

5

食管鳞状细胞癌免疫疗法后的蛋白质组学特征揭示了潜在的治疗策略和预测标志物

研究人员对 73 例 ESCC 免疫治疗无效样本进行蛋白质组和磷酸化蛋白质组分析,探索潜在的耐药和敏感机制,并确定 ESCC 免疫治疗的预测标志物。结果显示,ESCC 肿瘤微环境中血小板的激活可能通过潜在的直接物理相互作用降低 CD8+T 细胞的抗肿瘤功效,从而导致对免疫治疗耐药。最后,也发现了 10 个 ESCC 免疫治疗预测生物标志物(准确性很高,≥0.90),这有助于 ESCC 患者的个性化免疫治疗。


主营项目


1


动物实验

动物饲养、疾病造模、行为学检测、心功能、无创血压、血常规、全自动生化检测等

2


细胞实验

CCK8/MTT、原代细胞分离、流式细胞实验、细胞划痕、侵袭、迁移、EDU染色、转染、稳定株

3


分子生物学

PCR检测、荧光定量PCR、绝对定量PCR、端粒酶长度、pull down、双荧光素酶、SSR、SNP检测等

4


蛋白实验

WB、Co-IP、Chi-p、酵母双杂

5


病理实验

HE染色、免疫组学、电镜

6


生理生化实验

肝肾功能、抗氧化、免疫反应等生理免疫指标;动植物营养指标、微量元素、重金属、酶活等。

7


多组学实验

基因组、转录调控、蛋白组、代谢组、微生物多样性、宏基因组、生信分析

8


整体课题实验

方案设计、整体实验交付、标书写作、论文润色、协助投稿


END

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