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单细胞测序技术的发展史

浏览:572 发表时间:2024-11-13

2013年,单细胞测序技术被Nature Methods杂志评选为年度技术。2019年,单细胞多组学技术再次被 Nature Methods杂志评选为年度技术。进一步说明单细胞测序未来在基础科研乃至医学、农学等各个应用研究领域具有无限的潜力,将是未来科学发展的重要方向。我们一起来回顾一下单细胞测序技术发展史。

01

第一代测序技术

●时间:1970

●方法:基于DNA序列的测定方法,如引物延伸测序。

●特点:测序精度接近100%,但成本高、通量低。

●代表技术:Sanger测序法。


02

第二代测序技术

●时间:2000

●方法:高通量测序,可一次性测定数十万至数百万个DNA分子。

●特点:降低了测序成本,提高了通量,但仍然依赖于电泳分离技术。

●代表技术:

 Illumina平台:如Hiseq和Novaseq。

 Solexa平台:如Solexa Sequencing Platform。

03

第三代测序技术

●时间:2010

●方法:单细胞测序技术,包括边合成边测序(SBS)和纳米孔测序技术。

●特点:解决了读长短的问题,能够直接对RNA和核酸修饰进行检测。

●代表技术:

PacBio平台:如SMRT技术。

Nanopore平台:如Nanopore Technologies的MinION。


PART 01

plate-based SMART-seq



先用使用流式细胞仪或显微操作进行细胞分选,裂解细胞,用SMART技术建立库(使用Oligo(dT) primer对带有polyA尾的RNA进行逆转录,所使用的MMLV酶在5'末端加C后,会继续反过来合成DNA的另一条链(模板置换),由此形成双链cDNA;在两端加上PCR引物后,进行PCR扩增。



PART 02

DNA建库方法


用酶将cNDA打碎成小片段,添加接头用于后续测序,PCR扩增,完成建库。



PART 03

Dropseq


DropSeq基于液滴微流控技术,首先,将细胞悬浮液与带有分子条形码的微珠悬浮液泵至微流控芯片,汇聚并形成层流,之后再与油相汇聚,形成单分散的微滴,将每个细胞与一个微珠一同包裹于同一微滴中,随后完成RNA杂交并裂解微滴,释放mRNA杂交物,完成逆转录,最后,以PCR方式完成核酸扩增,并进行测序分析。但该方法有个缺点,不能保证每个液滴中都有且仅有一个单细胞和一个磁珠。



PART 04

10X Genomics



这项技术整合了之前的技术,并做了改进。通过10×genomics仪器将单个细胞与单个凝胶微珠通过油相混在一起,形成油包水的小微滴,接下来把细胞膜破掉,让细胞当中的mRNA游离出来。游离出来的mRNA与小液滴中的水相混合,和逆转录酶、结合在凝胶微珠上的核酸引物、以及dNTP底物相接触,进行逆转录反应。mRNA与凝胶微珠上带barcode的DNA分子相结合,在逆转录酶的作用下,逆转录出cDNA来。barcode的作用是方便后续测序时辨认样本来源。



PART 05

 微 孔 法 



BD Rhapsody™平台采用微孔捕获技术,其扩增和测序部分与10X Genomics一样,主要区别在于主要在于捕获单细胞。其捕获应用到蜂巢板,将细胞悬液平铺在只能容纳一个细胞的蜂窝里,蜂窝里有磁珠。随后,Beads 同样由注入孔注入,即可在单个反应孔中捕获其中的细胞。其Beads上的序列结构也与10X Genomics 相似。

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1


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动物饲养、疾病造模、行为学检测、心功能、无创血压、血常规、全自动生化检测等

2


细胞实验

CCK8/MTT、原代细胞分离、流式细胞实验、细胞划痕、侵袭、迁移、EDU染色、转染、稳定株

3


分子生物学

PCR检测、荧光定量PCR、绝对定量PCR、端粒酶长度、pull down、双荧光素酶、SSR、SNP检测等

4


蛋白实验

WB、Co-IP、酵母双杂

5


病理实验

HE染色、免疫组学、电镜

6


生理生化实验

肝肾功能、抗氧化、免疫反应等生理免疫指标;动植物营养指标、微量元素、重金属、酶活等。

7


多组学实验

基因组、转录调控、蛋白组、代谢组、微生物多样性、宏基因组、生信分析

8


整体课题实验

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END

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